Los tripulantes de la Armada Invencible, además de preparar el cuerpo debían preparar el alma. Una vez a bordo, quedaban prohibidos todos los comportamientos indecorosos: lenguaje obsceno y grosero, prohibición de blasfemar, tratar con prostitutas, etc., cualquiera de esas conductas ofendía a Dios.
Durante las travesías se obligaba a la tripulación asistir a los oficios religiosos completos una vez al día. Estas misas las celebraban los 180 sacerdotes que acompañaban a la expedición. Al anochecer y al amanecer los grumetes cantaban la Salve y el Ave María junto al palo mayor de cada nave.
Las contraseñas se escogían por su significado religioso y en el estandarte de la Armada se podía ver, además de las armas reales, la imagen de la Virgen María y un Crucifijo, cruzado con las diagonales rojo sangre de la guerra santa. En la parte inferior aparecía bordado el grito de batalla: “Álzate oh, Señor, y haz valer Tu Causa”.
Desde que zarparon los barcos de la Armada Invencible, Felipe II y la familia real al completo dedicaba tres horas diarias a orar y pedir protección ante el Santísimo Sacramento.
