Estuve intentando conectarme a un servidor Sql Server 2008 Express (localmente) utilizando JDBC, el mensaje que recibia repetidamente era: Connection Refused, después de varios intentos innfructuosos, finalmente encontré la solución en este post.

http://minddiary.com/2008/03/31/possible-solutions-for-jdbc-sql-server-connection-problem/

El punto que me dió la solución fue el número 5 que consiste en deshabilitar los puertos TCP dinámicos. El valor de la propiedad 'TCP Dynamic ports' debe quedar en blanco en lugar de cero, para las IPS 1,2, etc, y 1433 para IPAll.

Y eso es todo. Resta simplemente reiniciar el motor y ya podremos conectarnos sin ningún problema.