BOS yaitu program pemerintah yang pada intinya yaitu untk penyediaan pendanaan biaya operasional non personalia untuk unit pendidikan dasar sebagai pelaksana program wajib belajar. Menurut PP 48 Th. 2008 Mengenai Pendanaan Pendidikan, biaya non personalia yaitu biaya untk bahan atau perlengkapan pendidikan habis gunakan, serta biaya tidak langsung berbentuk daya, air, jasa, telekomunikasi, pemeliharaan fasilitas serta prasarana, uang lembur, transportasi, mengkonsumsi, pajak, asuransi, dan lain-lain. Akan tetapi, terdapat banyak type pembiayaan investasi serta personalia yang diijinkan dibiayai dengan dana Bantuan Operasional Sekolah. Dengan detil type aktivitas yang bisa dibiayai dari dana Bantuan Operasional Sekolah dibicarakan di bagian pemakaian Bantuan Operasional Sekolah.

Pada umumnya program Bantuan Operasional Sekolah mempunyai tujuan untuk mengurangi beban masyarakat pada pembiayaan pendidikan yang berkualitas. Dengan khusus program tersebut mempunyai tujuan untuk :

Penyaluran dana Bantuan Operasional Sekolah ke madrasah swasta dilakukan oleh Kanwil Kementerian Agama Provinsi atau Kantor Kementerian Agama Kabupaten/Kota, sedangkan untk madrasah negeri sudah teranggarkan dalam DIPA masing-masing satker madrasah negeri. Pencairan dana BOS ke madrasah swasta dilakukan melalui mekanisme pembayaran langsung (LS) ke rekening madrasah swasta sebagai penerima bantuan operasional.