Atuou no decorrer nas categorias de base do Tricolor no decorrer da década de 90, mas só veio a se profissionalizar em 2000, logo após vencer a Copa São Paulo de Futebol Júnior. Iniciou a carreira jogando na função de segundo volante, em um elenco que já contava com Kaká, que veio a fazer sucesso no Milan alguns anos depois, e o atacante Luis Fabiano, que até hoje carrega um status de ídolo no clube do Morumbi.

Junto destas estrelas, conquistaram um Torneio Rio-São Paulo em 2001 e um Supercampeonato Paulista em 2002. Se despediu do time da capital paulista na temporada seguinte, após disputar 114 jogos e balançou as redes adversárias 19 vezes.

Na sequência de sua jornada, Júlio Baptista ainda rodou pela Europa, jogando por clubes como Sevilla, Real Madrid, Arsenal, Roma e Málaga, tudo isso entre 2003 e 2013. Neste ano, retornou ao Brasil para atuar no Cruzeiro, onde foi campeão nacional. Posteriormente, defendeu Orlando City e Cluj, clube no qual se aposentou em 2018.

Aposentado, se tonou treinador em 2019, na equipe de base do Real Valladolid. Em 2021, foi para o time B do Valladolid e permanece no comando até os dias de hoje.