Esta história do jogador com o clube do Morumbi aconteceu entre 1994 e 1998, depois de atuar um período nas categorias de base do EC São Bernardo. Quando tinha apenas 11 anos de idade, participou de uma excursão junto ao time juvenil do Bernô na Argentina e outra num torneio diante das quatro potências do futebol paulista, disputado em Caraguatatuba.

Neste campeonato juvenil, Denílson se destacou e foi levado para jogar no São Paulo, onde ainda jogou na base quando viva a transição dos 16 para 17 anos. Começou a jogar profissionalmente em 94, ganhou uma grande sequência no time e foi um dos grandes nomes 'Expressinho Tricolor', um time 'alternativo' que contava com jovens talentos recém promovidos do juvenil e aspirantes que não haviam conquistado o seu espaço na equipe principal. Na época, o treinador era Muricy Ramalho e grandes nomes como Rogério Ceni, Caio e Juninho Paulista, já faziam parte do elenco.

Ao longo de sua passagem, conquistou a Copa Conmebol em 1994 e foi bicampeão da Copa dos Campeões em 1995 e 1996. Deixou o clube na final do Paulistão 98, já com tudo certo para se transferir para o Real Betis. Em seu último jogo fez uma linda grande jogada no gol do titulo, anotado por França. Na ocasião, o São Paulo venceu o Corinthians, dentro de um Morumbi abarrotado com 80 mil torcedores, ficando com o título estadual. Em seu vínculo com o time paulistano, o avançado marcou 58 gols em 110 partidas disputadas.

Na sequência do seu estrelato, Denílson ainda veio a defender clubes como Flamengo, Bordeaux, Al-Nassr, FC Dallas, Palmeiras, Itumbiara, Hai Phong e encerrou a sua carreira como jogador de futebol profissional em 2010, quando atuava no Kavala.