Esta passagem do centroavante pelos Godenzonen aconteceu entre 1993 e 1996, depois de ser revelado pelo Federation Works em 91, e Jogar também no Iwuanyanwu Nationale, atualmente conhecido como Heartland Football Club, no ano seguinte. Chegou ao clube de Amsterdam após se destacar na Copa do Mundo FIFA Sub-17 de 93 pela Seleção da Nigéria.

Nas quatro temporadas em que vestiu a camisa do time holandês, viveu grandes momentos dentro em campo. Segundo o site ogol.com, o artilheiro nigeriano disputou 74 partidas e balançou as redes adversárias em 27 ocasiões. Conquistou três Eredivisie (1993–94, 1994–95 e 1995–96); uma Supercopa da UEFA (1995); uma Copa Intercontinental (1995) e uma Liga dos Campeões da UEFA (1994–95).

Logo depois de deixar os Amsterdammers, Nwankwo ficou muito conhecido pela conquista da medalha de Ouro nos Jogos Olímpicos de 96, torneio no qual a Nigéria despachou a favorita Seleção Brasileira na semifinal. Na ocasião, os africanos estavam perdendo por 3 a 1, chegaram ao empate e venceram no gol de ouro. Kanu foi o grande destaque e marcou dois gols na partida. A Nigéria foi a medalha de ouro, batendo a Argentina na decisão.

Na sequência da sua trajetória por clubes, o centroavante ainda veio a jogar em equipes como Internazionale, Arsenal e West Bromwich. Encerrou sua jornada profissional em 2012, depois de jogar por seis anos no Portsmouth, da Inglaterra.