En la ciudad de Córdoba, en el año 1391, se determinó el repoblamiento del barrio del Alcázar Viejo y el consiguiente abandono de la Judería o barrio de Malburguet, tras la revuelta antijudía, por lo que surgió la necesidad de crear una nueva collación o barrio cristiano que se bautizó bajo la advocación de San Bartolomé. Como lógica consecuencia, se hizo necesario contar con un nuevo edificio sagrado cuya construcción se fija entre los años 1399 y 1410 y cuya iglesia quedó inacabada. 

Durante la primera mitad del siglo XV se le añadió una Capilla de carácter funerario, que en la documentación figura con la advocación de Santiago, y que constituye la denominada hoy Capilla mudéjar de San Bartolomé siendo el gran desconocido de los monumentos de la ciudad de Córdoba, a la vez que, sin duda, uno de los más atractivos. La capilla se encuentra hoy integrada en la facultad de Filosofía y Letras, por lo que puede accederse a ella desde su patio exterior que da a la calle Averroes o desde el interior de dicha facultad.

Aunque la iglesia quedó inacabada, este pequeño recinto continuó ejerciendo las funciones de parroquia hasta comienzos del siglo XVII. El conjunto, que a pesar de ser de nave única ha sufrido varios añadidos a lo largo de su dilatada historia, constituye un viejo ejemplar de la estética gótico-mudéjar. Se trata de uno de los mejores ejemplos de arte mudéjar en Córdoba, junto a la Capilla Real -que puede verse en el interior de la mezquita aljama- y la Sinagoga.

Ocupa una superficie dividida en dos sectores, uno que corresponde a la capilla propiamente dicha y el otro al atrio. Está construido con sillería arenisca, dispuesta a soga y tizón. La capilla presenta una planta rectangular, de unos 9 x 5 m de lado y de cabecera plana, resaltando el presbiterio del resto de la sala por medio de un pequeño escalón. El segundo de los accesos comunica a una capilla lateral que curiosamente se cierra desde fuera, lo que ha llevado a expertos a pensar que se accediera a la capilla desde otra edificación, posiblemente una sacristía. 

La portada que da acceso al patio presenta un sobrio arco apuntado sin más decoración que unas sencillas molduras. Sobre ménsulas realizadas a base de roleos y hojas incisas de marcada herencia islámica, parten dos columnillas que, junto a una hilera de modillones de rollos, sostienen un sobrio y elegante tejaroz, del que podíamos destacar el modillón central decorado con una minúscula venera. La portada principal se encuentra protegida por un pórtico formado por tres grandes arcos apuntados y peraltados, apoyados sobre columnas reutilizadas.

Al penetrar en la capilla nos damos cuenta que la portada luce un esquema muy distinto al interior, pues presenta un arco apuntado angrelado enmarcado por un alfiz y profusamente decorado con yeserías. Si atendemos a las cubiertas, percibiremos que el espacio se divide en dos bóvedas de crucería gótica, cuyas claves están decoradas con elementos vegetales y unidas por espinazo gótico decorado con dientes de sierra. Los ángulos de las bóvedas se resuelven por mediación de bovedillas de crucería, solución muy utilizada en el momento, caso de la Torre de los Leones en el Alcázar de Córdoba.

Esta Capilla de San Bartolomé presenta un rico programa decorativo en su interior, concebido a partir de esquemas mudéjares y en el que se aúnan diversas técnicas como es el caso de yesería y azulejería. Atendiendo a la solería, podríamos destacar la alternancia de solería de azulejos, olambrillas y ladrillos vidriados, y que los expertos datan en época bajomedieval, posiblemente siendo originales a la construcción de la capilla. El zócalo es posiblemente el área más reestructurada, puesto que ha sido la que más ha sufrido en anteriores rehabilitaciones. 

Las finas yeserías cubren prácticamente la totalidad de los muros de la sala, presentando decoraciones de tipo vegetal, geométrica, heráldica y epigráfica, mostrando un rico repertorio del mejor mudéjar consistente en lacería. En el caso de la decoración geométrica encontramos estas lacerías con fondo de ataurique, apareciendo escudos en las estrellas que forman los propios lazos. Los escudos representados en los muros corresponden a la Orden de la Banda, instituida por el rey Alfonso XI de Castilla premiando a los nobles más fieles que podrían vestir sus mismas ropas. 

En cuanto a la epigrafía, encontramos dos tipos de caracteres en la capilla, cúfica y nasjí, que aparecen repitiendo alabanzas. En las inscripciones epigráficas, reproduciendo algunas de las fajas decorativas, puede leerse "La eternidad para Allah, la gloria para Allah" o también "La prosperidad continuada", aunque están dotadas únicamente de sentido ornamental. Por su parte, las lámparas que decoran gratamente este espacio son de siglos posteriores. 

Esta Capilla de San Bartolomé, como ya se dijo, formó parte de la construcción de una iglesia que nunca llegó a terminarse, posiblemente por falta de presupuesto, hecho que puede comprobarse por la ausencia de techumbre, así como la construcción de una de las dos naves laterales. Asimismo, se utilizaron materiales de acarreo, como algunos capiteles y fustes romanos e islámicos. La antigua iglesia inconclusa queda contextualizada actualmente como antesala de la capilla mudéjar.

Su fundador fue un judío converso, Diego Fernández Abencaçin o Abenconde, veinticuatro de Córdoba y emisario y alfaqueque del regente de la corona de Castilla, el futuro rey Fernando I de Aragón, el Honesto e hijo de Juan I de Castilla. Sus viajes al reino nazarí de Granada pudieron haberle influenciado para esta construcción. Diego era también protegido del maestre de la Orden de Santiago, el infante Enrique de Trastámara, lo que pudo influir para advocar la capilla al apóstol Santiago, tal y como indica la concha de la entrada. También aparece en multitud de ocasiones el escudo de la Orden de la Banda, ya que Abencaçin había recibido esta condecoración por su función como alfaqueque en la liberación de cautivos cristianos.

En una restauración realizada en el año 1935 se encontraron 35 azulejos realizados en la técnica nazarí del reflejo dorado que decoraban la contrahuella del escalón que precede al altar y que fueron trasladados al museo arqueológico de la ciudad. Posteriormente, en 1953, se recuperaron las yeserías policromadas y se recuperó el pavimento original, para lo que se tuvo que trenzar el cepellón de la palmera centenaria en el patio a través del típico chino cordobés.

Ya en el presente siglo se comenzó una nueva restauración, en la que se consolidaron muros y cubiertas, sustituyendo parcialmente la galería exterior. En la portada, se sustituyeron sillares que se hallaban muy deteriorados, para lo cual hubo que desmontarla. También se consolidó la decoración interior restaurando algunas de las yeserías, azulejos y pinturas murales, reintegrando en ellos zonas en las que el color se había perdido en gran parte.