El fervor religioso de Córdoba no sólo lo albergaba su Mezquita aljama. En esta ciudad y capital califal se hallaban auténticas joyas de época omeya, como son algunos alminares de aquellas mezquitas menores o de barrio que se construyeron entre los siglos IX y X, principalmente. Desde el siglo VIII, la ciudad experimentó una progresiva transformación urbanística siguiendo el trazado romano preexistente y reaprovechando elementos como columnas, capiteles o lápidas. 

A medida que la ciudad se fue expandiendo, se crearon en la misma barrios o arrabales en los que podían encontrarse lugares públicos como baños, hornos, zocos y mezquitas menores que pronto se convirtieron en el eje entorno al cual giraba la vida en los barrios. Los vecinos acudían a la mezquita a rezar, para charlar un rato, para la enseñanza de los niños o para resolver conflictos vecinales. Cada cual acudía a la mezquita de su barrio, lo contrario era inusual.

En el libro El collar de la paloma de Ibn Hazm, encontramos una anécdota a este respecto en la que nos dice "un personaje llamado Muqaddam, quien había dejado de ir a su mezquita de Masrur para ir a orar a otra que estaba cerca del cementerio de Al-Qurays con la intención de ver a un joven del que estaba enamorado, más de una vez fue detenido por el guardia cuando regresaba a su casa".

El alminar de San Juan es una torre perteneciente a una antigua mezquita de la época emiral-califal, construida entre los siglos IX y X, situada en la actual plaza de San Juan en el interior de la ciudad de Córdoba. Se trata de uno de los cuatro alminares de la península declarado Bien de Interés Cultural, enmarcado como monumento histórico-artístico. 

El minarete habría sido construido sirviendo como llamada a la oración de la mezquita a la que estaba unido. Según una placa encontrada y conservada en el Museo Arqueológico de Córdoba, la mezquita habría sido construida bajo orden del cadí Umar Ibn Hadabas durante el gobierno del emir Abd Al-Rahmán II. Su altura debió ser más alta que la que presenta actualmente y estaría coronado en una terraza almenada, al estilo de las construcciones islámicas. 

Tras la conquista de la ciudad por parte de las tropas castellanas del rey Fernando III el Santo en el año 1236, la mezquita fue cedida a los caballeros de la Orden de San Juan de Jerusalén, también conocida como San Juan de los Caballeros, que construyeron una iglesia sobre ella y de ahí su nombre. De estilo emiral y califal, presenta una planta cuadrada de 3,70 m de lado y una altura de casi 11 metros, un solo cuerpo de sillares dispuestos a soga y tizón con arcos gemelos de herradura sobre columnillas de mármol con fustes visigodos. 

Remataba ese primer cuerpo una hilera de arquillos califales ciegos, los cuales no son apreciables salvo por las tres columnillas que aún son visibles. La torre tuvo un segundo cuerpo que fue desmontado y sustituido por la cubierta a cuatro vertientes que tiene actualmente. A pesar del deterioro que presenta, es, tras la mezquita aljama y los baños, el mejor exponente de arte califal conservado en la ciudad. Se trata, además, del único alminar intacto de Qurtuba; el resto, incluyendo el de la propia aljama, fueron tan modificados que resulta difícil adscribirlos al arte califal.

Por su parte, la actual iglesia de San Lorenzo en Córdoba se encuentra ubicada en el barrio de San Lorenzo al cual da nombre. Fue fundada sobre una antigua mezquita que reemplazó una iglesia visigoda más antigua. Se construyó la iglesia durante la segunda mitad del siglo XIII, en plena transición del románico al gótico, en la misma época que otras iglesias similares que se conocen como fernandinas dado que, por la época en que se construyeron, reinaba Fernando III el Santo.

En su lugar se encontraba la mezquita de Al-Mughira, de la que se conservan restos de su minarete en el interior del templo cristiano actual. Asimismo, en el siglo XIX se encontró una lápida que conmemoraba la fundación de dicha mezquita con la inscripción en letra cúfica "Sólo hay poder y fuerza en Allah. La señora Mishtaq, madre del príncipe Al-Mughira, ordenó hacer este alminar y la galería contigua y la obra de nueve naves de esta mezquita. Esto se terminó con ayuda de Allah bajo la dirección de Gafar Ibn Abd Al-Rahmán, su oficial. En el Ramadán del año trescientos".

Tras la conquista cristiana del año 1236 llevada a cabo -como ya se ha mencionado- por las tropas del rey Fernando III, concretamente en el año 1272, se dejó constancia escrita de que se invirtieron diez maravedíes para su conversión en iglesia. El sólido y cuadrado alminar árabe, de unos 10 m de altura,  fue convertido entonces en torre externa renacentista y se considera precedente de la torre de la Giralda en Sevilla.

Nada más entrar en la iglesia de San Lorenzo, a la izquierda, se alza el hermoso alminar de época califal. Se trata de una torre muy similar a la de San Juan y la de Santiago, con su ventana geminada, dos pequeños arcos de herradura con un parteluz central compuesto por fuste, capitel y cimacio. Se realizó a soga y tizón y está datada, como nos muestra la ya citada lápida, en época del segundo califa Al-Hakén II, hijo de Abd Al-Rahmán III.

Es muy probable que esta mezquita de Al-Mughira se construyera sobre otra mezquita primitiva de época emiral y quizá fuese de uso privado. Para aclarar el apunte de su lápida fundacional cabe señalar que en esta zona se encontraba situada la almunya de Al-Mughira, quien era hermano del califa Al-Hakén II por lo que la sayyida Mishtaq, esposa de Abd Al-Rahmán III, ordenó construirla para cercanía de uno de sus hijos.

Esta mezquita fue levantada junto a una vía principal de comunicación en la ciudad, la Al-Mubtillah, que se ha identificado como la vía Augusta romana. Según las fuentes, en esta zona se encontraban ubicadas varias almunyas ya desde la época emiral, como la citada de Al-Mughira y la de Abd Allah. Y en este mismo barrio vivió el poeta anteriormente mencionado, Ibn Hazm.

Dentro del recinto amurallado de la ciudad de Córdoba, como mezquitas secundarias a la gran mezquita aljama, aparte de las ya citadas como actuales iglesias de San Lorenzo y de San Juan que conservan sus islámicos alminares, destaca la más singular de todas que está ubicada en el convento actual de Santa Clara. Este convento fue levantado sobre una antigua mezquita califal que databa del año 976.

Esta mezquita, a su vez, había sido construida sobre la basílica de Santa Catalina del siglo VI, uno de los principales templos cristianos de la ciudad en época visigoda. Estaba situada en plena medina y no muy alejada de la mezquita aljama. Debió ser una zona muy concurrida y con mucha actividad comercial ya que la calle donde se encuentra era una vía de comunicación importante de herencia romana.

De esta mezquita se conservan aún el primer tramo del alzado de su alminar y un arco de herradura exterior cegado, así como la cimentación del edificio en todo su perímetro, el patio de abluciones y parte de los muros de la sala de oración, incluyendo el muro de la qibla. Es la única que conserva estructuras de la sala de oración, patio y alminar. Desde fuera sólo se puede contemplar la torre de unos 9 m de altura de planta cuadrada y sin ninguna decoración de ventanas. En el interior se puede ver parte de la sala de oración, de planta rectangular y compuesta por tres naves.

Cada una de esas naves está dividida en seis tramos, separados por filas de cinco columnas y dos machones. El convento de Santa Clara se ubicó, inicialmente, en la parte de la mezquita, transformándose en iglesia -tras la conquista cristiana- y adaptando el patio de abluciones a la nueva estructura del claustro. A lo largo de su historia, el convento se ha denominado de Santa Catalina, nombre original, y de Santa Clara tras la instalación allí de las hermanas clarisas, perdurando el segundo nombre.

En el ámbito de los arrabales, destaca la mezquita excavada en la antigua finca del Fontanar de Cábanos, cuya planta pudo ser documentada en su totalidad pese a su avanzado estado de arrasamiento. El oratorio quedó insertado en las tramas urbanas que se fueron abriendo camino en el suburbio occidental en época califal, rodeado por calles, casas y otras edificaciones.

También en el antiguo barrio de la Axarquía, un arrabal al este de la medina, se levanta la iglesia de Santiago. El único vestigio de la anterior mezquita que ocupó su lugar se encuentra en el interior de la iglesia y se trata de una torre de planta cuadrada, similar al de la mezquita aljama omeya de Ibn Adabbas en Sevilla. La torre o alminar fue construido en sillares y muestra una ventana geminada con dos arcos gemelos y un parteluz, que no ha llegado a nuestros días. 

La construcción de esta mezquita, actual iglesia de Santiago, se estima en los dos últimos tercios del siglo IX, es decir, su levantamiento fue anterior al alminar de San Juan. Se suele identificar como la mezquita del emir Hixén, quien también ordenase construir el primitivo alminar de la mezquita aljama, dentro de la fase de fundaciones de mezquitas en el proceso de islamización de la ciudad de Córdoba. 

Se levantó, al igual que ocurrió con muchas otras mezquitas de barrio o mezquitas menores, junto a un camino trazado romano considerado punto estratégico como una arteria principal de  cada sector de la ciudad y cuando a su vez el barrio de la Axarquía se estaba desarrollando, de ahí que en época posterior califal este barrio se caracterizara por casas dispersas.

Los vecinos del barrio se ocupaban del mantenimiento y cuidado de su mezquita y, aparte de templo, terminaban sirviendo como espacio de reunión para la toma de decisiones vecinales o incluso para reivindicaciones o resistencia, tal como ocurrió en el siglo IX con la llamada Revuelta del arrabal. Como arte posterior mudéjar en mezquitas de pequeñas dimensiones en Córdoba destaca la capilla mudéjar de San Bartolomé.