Se cree que antes de la existencia de la Alcazaba califal de Almería, en el mismo cerro existía una rábida, cuya construcción fue fechada a mediados del siglo IX, con la intención de dominar los alrededores y sobre todo el mar, defendiendo así los arrabales de los ataques normandos entre los años 840 y 861, diseñándose como una edificación claramente defensiva.

La construcción de la primitiva ciudadela o fortaleza califal comenzó en el año 955 por orden del primer califa cordobés, Abd Al-Rahmán III. Después se engrandeció y perfeccionó con Almanzor, siendo finalmente terminada en el siglo XI bajo el mandato del primer rey de la taifa de Almería, Jayrán. 

Para la construcción y levantamiento de esta Alcazaba de Almería se utilizó piedra arenisca procedente de una cantera cercana para sus murallas y el mármol, que aparecería en columnas, pilas, suelos, mezquita, etc procedía sin duda de Macael, a unos 75 km de la ciudad. Tal como hoy la encontramos, esta Alcazaba está integrada por tres recintos diferenciados siendo los dos primeros de origen y estilo árabes. 

La entrada a la Alcazaba se encuentra en la calle Almanzor paralela a la muralla que lleva al primer recinto, tras unas escaleras en zig zag rodeadas de vegetación. A este recinto se accede a través de la llamada Torre de los Espejos, que aloja la Puerta de la Justicia. Según la tradición, en esta torre existía un sistema de espejos cuya misión era hacer señales a los barcos que se acercaban al puerto de la ciudad, esperando contestación o descubriendo así a los enemigos. 

También se conservan en este primer recinto tanto la Torre Norte y su muralla como la Torre Sur. En el extremo más oriental se encuentra el llamado Baluarte del Saliente, que hoy aloja las oficinas del monumento. Este primer recinto se nos presenta como un amplio espacio que corresponde a lo que fue tanto un campamento militar como un refugio para la población de la ciudad en caso de asedio, la cual se dividía principalmente en dos barrios y un pequeño cementerio. 

Este espacio abierto contaba con buenos aljibes, de los cuales hoy podemos ver uno, aunque en ruinas al descubierto, y uno de los pozos que se utilizaban para subir el agua a una altura de 70 m. En el año 1522 hubo un terremoto que destruyó gran parte de la ciudad, resultando este recinto gravemente afectado. 

Aunque se conoce el uso que tuvo esta parcela, se desconoce su aspecto original pues no hay documentos ni restos que describan la fisonomía de este primer recinto, por lo que se construyeron de forma contemporánea jardines y ornamentos a semejanza de los jardines de Alhambra de Granada. 

Los suelos empedrados, los pequeños canales que recorren los desniveles de terreno con el transcurrir del agua, los setos, las fuentecillas y los árboles son elementos que se desconoce si originalmente pudieron ocupar estos terrenos pero, sin duda, hacen el espacio más agradable. El llamado Muro de la Vela, ordenado construir por el rey Carlos III, separa el primer recinto del segundo. Bajo su campana, adosada al exterior, se encuentra la ermita mudéjar de San Juan.

El segundo recinto aloja en su interior el palacio más lujoso de la ciudad, así como la residencia o Casa del Alcaide, la guardia del palacio y los servidores. Este recinto contiene el espacio en el que se fueron ubicando los palacios islámicos de la Alcazaba desde época califal, después durante los reinos de taifas y hasta la época nazarí en el siglo XIII. 

A mediados del siglo XI, el monarca taifa Al-Mu'tasim se construyó un lujoso palacio en lo que hasta entonces había sido la residencia de los gobernadores califales y del primer monarca de la taifa, Jairán. En su conjunto conserva los restos arqueológicos más completos de cómo era la distribución de un palacio de época taifa en Al-Ándalus.

Este segundo recinto, al albergar la ciudad palaciega, estaba dotado con dependencias como la mezquita o actual ermita mudéjar de San Juan, los Baños Reales, el aljibe califal del siglo X con sus cinco naves y también diversos comercios, pero debido a los varios terremotos que asolaron el recinto apenas quedan restos en pie, aunque sí un importante yacimiento arqueológico. También quedan restos de lo que fueron los Baños de la tropa, que siguen el modelo de los baños romanos, y la llamada Torre de la Odalisca así como varias viviendas reconstruidas. 

Lo más llamativo es el muro en su cara norte, correspondiente al citado Palacio de Al-Mu'tasim. Dicho muro, denominado Mirador o Ventana de la Odalisca cuenta con dos aberturas hacia el barranco de La Hoya, existiendo una leyenda según la cual una noche, esperando a su concubina favorita de nombre Galiana, el rey quedó esperando ya que, por su parte, ella estaba recibiendo a un preso cristiano que cantaba todas las noches a su hermosura. 

Cuando el cautivo se estaba descolgando por esa ventana con la ayuda de unos paños que la odalisca había anudado, apareció la guardia por lo que decidió soltarse para evitar ser apresado de nuevo, muriendo en la caída. Tras ver despeñarse a su amado, la concubina no paraba de llorar en el alféizar de la ventana, muriendo de lástima poco después.

También en este segundo recinto se localiza, en el área del Palacio de Al-Mu'tasim, un arco de época califal del siglo X. Forma parte de una torre a través de la cual se realizaría un ingreso en recodo. Se trata de un arco de sillares de arenisca de unas dimensiones de más de 2 m de altura (intradós) por otros 2 m de profundidad. Conserva parte de su alfiz y el arranque de sus dovelas, constituyendo uno de los restos más antiguos y monumentales de todo el conjunto.

Asimismo, en este segundo recinto contamos con el espacio de los Baños Reales, construidos a finales del siglo XIII y localizados en el flanco nororiental del Palacio de Almotacín y el lienzo norte de la muralla. La obra es de hormigón de calicastrado, conteniendo en su interior mamposterías. Están formados por tres naves abovedadas, dispuestas consecutivamente y precedidas de un vestíbulo, situadas junto a las dependencias de mantenimiento y a un pequeño aljibe que las abastecía de agua. Estaban dotados de buenos materiales y el suelo era de mármol, aunque los pilares estaban construidos en ladrillo.

El vestíbulo se forma con un banco corrido por dos de sus lados. La primera, la sala fría, presenta sendas alhamías laterales marcadas por un contrafuerte y arco de apoyo. La nave central es la de mayor tamaño y pertenece a la sala templada o baños tibios. En uno de sus extremos se localizó un murete que cerraba un hoyo excavado en la roca, quizá los restos donde estaría ubicada una pila. La última sala, la más cercana a la caldera, permitía tomar los baños calientes y de vapor. Con el reforzamiento de la muralla, ya en época cristiana, todo el conjunto de los baños quedó inutilizado.

La distribución del segundo recinto nos presenta por un lado un área pública, desde la que se ejercían funciones de gobierno, pero también un área privada, siendo ocupado por la residencia del monarca taifa o gobernador califal, así como un área de servicios separada por un grueso muro con torres en los extremos por donde se realizaba el ingreso. 

Todo ello se estructura en torno a un jardín central sobre el que se circulaba a través de unos andenes sobre-elevados con respecto al terreno cultivado. Según se ha documentado, presentaban estucos de color anaranjado en su zócalo. A ambos lados del jardín se distribuían pabellones con sendos salones y pórticos que abrían al mismo.

El tercer recinto alberga la época cristiana del conjunto de la Alcazaba. Se trata de un castillo construido por orden de los reyes católicos en la que es la parte más occidental y elevada de todo el conjunto amurallado, adaptándolo a la artillería y a las nuevas necesidades militares tras su conquista de la ciudad en el año 1489. Este castillo cristiano se levantó, por lo tanto, en el mismo lugar que hasta ese momento albergaba un alcázar de la época islámica. 

Esta construcción finalizó en el año 1534, reinando el emperador y nieto de los reyes católicos, Carlos V, quedando protegido por tres torres circulares (la Torre del Homenaje, de la Noria y de la Pólvora) y contando con un foso al que se accedía a través de un puente levadizo. La alcazaba de Almería queda recogida en un entorno poligonal de tendencia cuadrangular, con una superficie de casi 38 hectáreas (no conservadas completas) y cuyo eje, en dirección este-oeste, queda constituido por La Hoya. 

Según sus dimensiones el conjunto de la Alcazaba de Almería es la segunda de mayor extensión, entre las construcciones musulmanas de la península, después de Badajoz. La alcazaba pacense cuenta con 8 hectáreas en su actual recinto y contaba con más de 50 en su antiguo cerco. Por su parte, la alcazaba almeriense conservada en la actualidad -sin las murallas exteriores- no llega a 3 hectáreas incluyendo el recinto del siglo XV.

Situada en un cerro aislado, la Alcazaba aparece como una sólida y extensa fortaleza con murallas de más de 3 m de grosor y 5 m de altura, formando un recinto cerrado sobre sí mismo. Cuenta con un total de siete torreones, tres de planta cuadrada de origen árabe y cuatro de planta circular de origen cristiano, erigidas por orden del rey Alfonso VII de Castilla en el año 1147 antes de la recuperación de la ciudad por el imperio almohade. 

El recinto está conectado con los lienzos de la muralla que configuran y dan sentido a su propio desarrollo dentro del complejo que forma la tremenda fortificación de una ciudad que durante siglos fue la Puerta del Mediterráneo en Al-Ándalus. El barranco de La Hoya y el cerro de San Cristóbal mantienen una conexión directa con la ciudad, tanto física como visual, creando un conjunto de extraordinaria magnitud. 

Dicho de otra forma, la muralla desciende hacia el norte a través del barranco de La Hoya para ascender después hasta el llamado cerro de San Cristóbal, anteriormente monte Laham que en árabe significa Carne. La muralla del cerro de San Cristóbal, más conocida como Murallas de Jairán, es lo que hoy permanece en pie de la antigua muralla que rodeaba toda la ciudad y deben su nombre al primer rey de taifas que gobernaba al terminar su construcción. 

A pesar de que hay más secciones de muralla en otras zonas de la ciudad, esta es la única parte que siempre se ha encontrado al aire libre y no ha sido descubierta en estado de ruinas. Por su parte, para la restauración de los torreones derruidos tras la contienda del siglo XII entre almohades y cristianos, se reutilizaron bolaños que se encontraban por el suelo y se han descubierto cruces de posible origen templario grabadas en la argamasa utilizada. 

Existe un dicho popular en Almería para exaltar la importancia de su alcazaba cuando se la compara con Alhambra "alcazaba tenía Almería cuando Granada era sólo alquería". La muralla del monte Laham, en definitiva, fue erigida para proteger el antiguo barrio de La Musalla en tiempos de Abd Al-Rahmán III, aunque las obras finalizaron en el reinado de Jairán. 

El conjunto amurallado incluye también lienzos aislados de la muralla califal quedando dispersos por el casco viejo de la ciudad, habiendo sido levantada para cerrar el barrio de Al-Madinat o la medina. Más concretamente se trataba de un lienzo con aparejo califal de soga y tizón, datado en el siglo X, época de la fundación de la ciudadela, y que cerraba por el este la medina bajando desde la Alcazaba hasta el mar. 

A esta muralla la acompañan los cimientos de una puerta que se abría entre dos torres cuadrangulares que protegían la entrada. Esta puerta medía 6 m y se cree que podía ser la Puerta de las Atarazanas dada la cercanía al lugar donde se construían los barcos y grandes navíos que la flota de Al-Ándalus necesitaba, perteneciendo al cinturón de muralla que cerraba la ciudad por el sur, es decir, el frente que daba al mar. Hoy en día queda integrada dentro del yacimiento arqueológico en el Centro de Interpretación, ocupando la sala central. 

Desde el siglo X, por su situación, dicha puerta y la muralla sur estarían en uso durante toda la época islámica, conservándose hasta el siglo XIX en el que serían derribadas para abrir la ciudad al mar. En el siglo XI, Al-Udri contaba "No se asciende a su alcazaba si no es con fatiga, ni se trepa hasta ella si no es con pena; es sólida en su aspereza, extraordinaria en su inaccesibilidad". 

En general, las actuales vistas que la Alcazaba de Almería ofrece de la ciudad y de su bahía son excepcionales. A su vez, la Alcazaba es visible desde el mar mediterráneo hasta 55 km mar adentro en días despejados.