En el año 713 las tropas musulmanas de Musa Ibn Nusair conquistaron la Ciudad tras catorce meses de resistencia de sus habitantes y ésta se convirtió en capital de la cora de Mérida (división territorial) o kura musulmana (provincia), una de las más extensas y poderosas de toda la península ibérica.

La cora coexistía con otra demarcación territorial denominada marca (thagr) que se superponía a las coras en las zonas fronterizas con los reinos cristianos. Ambas constituían la organización territorial andalusí. La cora de Mérida estaba integrada en la marca inferior y se extendía por la actual Extremadura y el sur de Portugal, hasta el océano Atlántico, con capital en la ciudad de Mérida, que le daba nombre, o en Badajoz según la época. Su demarcación procedía de la antigua división lusitana tardorromana, que se había conformado como cora en época emiral bajo el nombre de xenxir. Era una de las más extensas y económicamente pujante, aunque su cercanía a la frontera cristiana le daba un carácter predominantemente militar. Tras la disolución del califato, se incluyó en la taifa de Badajoz.

A comienzos del siglo IX, los mozárabes de la ciudad emeritense se rebelaron sucesivamente contra el poder central cordobés y su autoridad califal, que necesitó hacer sucesivas campañas militares para reducirla entre el 805 y el 835, hasta que Abderramán II ordenó construir la Alcazaba y desmantelar las murallas romano-visigodas que defendían la ciudad, quedando su población y poder gravemente mermados comenzando un lento declive en la ciudad. Aún así, Mérida fue capital la mayor parte del período musulmán en lo que comprende el territorio actual extremeño, concretamente hasta la caída del califato de Córdoba en el año 1031.

La alcazaba árabe de Mérida es la más antigua fortificación musulmana en la península ibérica, construida en el siglo IX en la ciudad junto al célebre puente romano sobre el río Guadiana. Como dijimos fue construida por Abderramán II en el año 835 como bastión para controlar la ciudad, que desde el año 805 se había rebelado continuamente contra el dominio califal. La fortificación consiste en un recinto cuadrado de 130m de lado capaz de albergar un buen número de tropas. En su interior hay un aljibe, con agua filtrada desde el cercano Guadiana a la que se accede por una doble escalera desde el piso bajo de una torre. Dentro destacan las pilastras aprovechadas de algún edificio visigodo cuya decoración, en relieve, consta de columnas en sus laterales y motivos vegetales que forman círculos alrededor de racimos y palmetas en sus frentes.

El perímetro de la alcazaba es casi cuadrado de unos 550m. Los muros, de unos 2,7m de grueso y 10m de altura, están fabricados en su mayoría con sillares de granito reaprovechados de obras romanas y visigodas con un relleno interior de tierra, piedras y argamasa. Originalmente, había una gran torre cuadrada en cada esquina del recinto (cuatro en el principal y dos en el alcazarejo), mientras que en los lienzos de la muralla, a intervalos regulares o flanqueando las puertas se disponían en total otras veintidós pequeñas torres de base cuadrangular, algunas de época cristiana.

A la alcazaba se accedía desde el puente romano a través de un pequeño recinto fortificado denominado tradicionalmente alcazarejo. Por esta gran barbacana se controlaba el paso de personas y mercancías a la ciudad de forma que el recinto militar principal quedaba totalmente independiente de la población civil. A este último se entra por una puerta flanqueada por dos torres sobre cuyo arco de herradura se conserva una de las inscripciones fundacionales de la alcazaba en la que se puede leer "En el nombre de Dios, el clemente, el misericordioso, bendición de Dios y su protección para los que obedecen a Dios. Ordenó construir esta fortaleza y servirse de ella como refugio de los obedientes el emir Abd al-Rahman, hijo de al-Hakam -glorifíquele Dios-, por medio de su camil Abd Allah, hijo de Kulayb b. Talaba y de Hayqar b. Mukabbis, su sirviente y Sahib al-bunyan, en la luna de postrer rabi del doscientos veinte.

A principios del siglo XIII, en 1230, las tropas cristianas del rey Alfonso IX de León, conquistarían Mérida y la convertirían en sede del priorato de San Marcos de León de la orden de Santiago.