Термин «экосистема» («экологическая система»), предложенный в 1935 г. английским экологом A. Tansley, означает природный комплекс, образованный популяциями живых организмов (в интересующем нас случае это паразитарная система) и абиотической средой их обитания, в котором живые организмы как между собой, так и со средой обитания связаны обменом информации, веществ и энергии. Если понятие «паразитарная система» характеризует биологическую основу эпидемического процесса, то понятие «экосистема» отражает экологический аспект существования этой основы.

Хотя в жизни человеческого общества природное и социальное слиты в неразрывном единстве, понятие «экосистема» охватывает лишь природный аспект, условно абстрагируя его в соответствии с требованиями системного подхода. Поэтому понятие «экосистема» применительно к эпидемическому процессу не несет никакой социальной нагрузки. Паразитарная система эпидемического процесса связана с окружающей ее природной средой обитания механизмом передачи возбудителя и поэтому она представляет собой эпидемиологическую экосистему. Каждая инфицированная особь в популяции хозяина является компонентом паразитарной системы. Она одновременно служит основой иерархии инфекционного процесса и потенциальным источником возбудителя инфекции. Часть популяции паразита, выведенная за пределы организма хозяина (т. е. внеорганизменная часть популяции), населяет абиотические объекты окружающей среды или живых переносчиков, превращая их в потенциальные факторы передачи возбудителя.