Era más de medianoche, el Padre Alfaro escribía, iluminado por la temblorosa luz de una vela, las cartas que pensaba enviar con Fray Agustín de Tordesillas y el capitán Juan Díaz Pardo para el gobernador Sande y el Padre Guardián del Convento de San Francisco, Fray Juan de Ayora. Se había comprometido si llegaba el momento a mostrarse como el único responsable del desafío, como el instigador de todo el engaño y el momento había llegado.
"Pax et Guadium in Spiritu Santo.
Terminada la primera carta continuó mientras la luz húmeda del alba se filtraba bañando los manuscritos. "... podrán hacer fe delante del Rey y del Papa si menester fuere que todo lo que se pudo hacer por nuestra parte, se hizo; mas el Señor no Fue Servido que aún ahora se abra esta puerta; el cuándo, él lo sabe. Estos hermanos nuestros van con algún recelo de que Vuestra Señoría les podía hacer algún agravio o molestia por haber venido a esta Jornada Sin su licencia. A mí se me debe toda la pena pues fui causa de que los demás se arrojasen tras de mí. Sólo hay a quien contentemos y satisfagamos, que al señor Rodrigo de Frías que le trajimos sus criados y fragata. Vuestra Señoría, tan devoto, me reconciliará con él y le ofrecerá la tercia parte de todo lo que se ha merecido por parte de Dios en esta jornada..."
Con estas palabras el Padre Alfaro esperaba reconciliarse con las autoridades españolas. Daba cuenta así de los infructuosos intentos de evangelizar China e intentaba que su osadía no perjudicara a aquellos que con tanto valor y devoción lo habían seguido en su loca aventura.Usted tenía que saber de nosotros y del suceso de la jornada. Teníamos que avisar allá de lo que por acá pasa, que es harto diferente de como allá nos lo fabricamos…" La brisa de la noche plagada de estrellas se colaba por el ojo de buey del camarote. "Viniendo pues al punto, aquí no es posible quedarse por interés, ni por ruegos, ni por esclavos..." El canto agudo de los pájaros de la selva lo acompañaban, Alfaro se levantó de la mesa y estiró los brazos. "Nos fue servido cupiese la suerte muy dichosa a nuestro buen Hermano Fray Sebastián de morir sobre el cerco de esta ciudad, en tan buena demanda y pretensión que no dudo sino que ya tiene premio de verdad. Sea que cuando llegamos a Ilocos hallé al hermano enfermo y a los otros muy flacos y descoloridos y al hermano Fray Sebastián algo necesitado del estómago pero con tal disposición que me pareció podía hacer la jornada sin peligro y me pareció justo sacarlo de allí. Visto y entendido del hermano Juan Díaz y su compañero quererse volver a Manila porque antes que ir con los portugueses se dejan hacer pedazos de estos infieles…" 
