Η εκκίνηση για το Μαραθώνιο Δρόμο δίνεται στις 09.00πμ από τον ειδικά διαμορφωμένο χώρο της Αφετηρίας (Μαραθώνας).

Τα πρώτα 200 μέτρα είναι κατηφορικά και οδηγούν στην έξοδο από την εγκατάσταση της Αφετηρίας. Τα πρώτα 4 χιλιόμετρα παρουσιάζουν μια ελαφρά κατηφορική κλίση. Οι δρομείς τρέχουν επί της Λεωφόρου Μαραθώνος μέχρι το 4ο χλμ, οπότε και εισέρχονται αριστερά στην οδό Μαραθωνομάχων και την περιοχή του Τύμβου για τα επόμενα 2,2 χλμ. Η διαδρομή ακολουθεί σχεδόν κυκλική πορεία γύρω από το Μνημείο Πεσόντων (Τύμβος) στη Μάχη του Μαραθώνα.