Bioteknologi tanaman pada hakikatnya adalah perluasan dari cara pemulian tanaman tradisional. Akan tetapi, berbeda dengan pemuliaan tradisional, yang dalam prakteknya melibatkan ratusan bahkan ribuan gen, maka cara bioteknologi memungkinkan hanya mentransfer satu atau beberap gen saja yang dikehendaki. Dengan demikian cara bioteknologi memiliki tingkat akurasi yang lebih tingi dan lebih terkendali sehinga memungkinkan para pemulia tanaman bekerja dengan lebih tepat untuk mengembangkan tanaman dengan sifat-sifat yang menguntungkan dan membuang sifat-sifat yang tidak dikehendaki.

Bioteknologi tanaman memberikan keuntungan pada berbagai aspek kehidupan mulai dari kesehatan, lingkungan maupun industri. Khusus di dibidang pertanian, beberapa keuntungan yang dapat diperoleh adalah:

Hasil tanaman bioteknologi dapat mengatasi ancaman kekurangan pangan dunia di masa depan sebagai akibat pertumbuhan penduduk dunia semnetara luas lahan untuk produksi pertanian tidak bisa bertambah atau bahkan cenderung berkurang.

Teknik bioteknologi tanaman membuka kemungkinan untuk menghasilkan tanaman-tanaman resisten dan toleran terhadap hama dan penyakit, sehingga penggunaan pestisida untuk mengatasi kedua masalah tersebut dapat diminimalkan, bahkan pada kondisi-kondisi tertentu dapat dihilangkan sama sekali.

Bioteknologi tanaman memungkinkan untuk merancang tanaman-tanaman yang lebih adaptif pada lingkungan dimana kondisinya mraginal, seperti lingkungan dengan pH rendah atau tinggi, kadar logam-logam berat seperti aluminium, besi, mangan dan mineral lainnya yang tinggi, kekeringan, tingkat salinitas yang tinggi serta kondisi cuaca yang kurang mendukung bagi pertumbuhan tanaman.

Kualitas produk pertanian dapat ditingkatkan dengan menggunakan cara bioteknologi tanaman. Kandungan bilai nutrisi produk pertanian seperti vitamin dapat ditingkatkan pada tanaman-tanaman tertentu. Di sisi lain, senyawa-senyawa tertentu dari suatu produk pertanian dapat diminimalkan atau bahkan dihilangkan karena dapat menyebabkan alergi atau penyakit-penyakit lainnya seperti senyawa asam lemak jenuh.

Bioteknologi tanaman memungkinkan untuk menciptakan tanaman-tanaman yang dapat digunakan sebagai biofarming untuk menghasilakn bahan baku industri seperti bioplastik, kosmetik, biopestisida dan sebagainya yang bersifat ramah lingkungan.

Issue negatif terhadap penerapan biotekbologi tanaman adalah adanya potensi bahaya terhadap organisme non-target. Gen-gen resisten diselipkan pada salah satu organisme dikhawatirkan akan terlepas secara bebas di alam dan terintegrasi dengan mikrorganisme sehingga mempercepat perkembangan resistensi organisme terhadap pestisida. Namun demikian, sejauh ini kekhawatiran tersebut masih berupa dugaan belaka dan belum menunjukkan adanya bukti yang terukur sevara keilmuan.

Kekhawatiran lainnya adalah adanya transfer pollen dari tanaman transgenik kepada populasi tanaman lain non-transgenik yang bersifat berpenyerbukan silang (out crossing). Untuk mengatasi hal tersebut, saat ini sedang dipikirkan upaya pengintegrasian gen asing ke dalam organel kloroplast. Oleh karena pewarisan kloroplast biasanya bersifat maternal (maternal inheritance), maka diharapkan penyebaran gen asing yang tidak terkendali akibat penyebaran pollen di alam dapat dicegah.