Karekterisasi dan pendeteksian virus tanaman telah banyak menggunakan cara molekuler, seperti Polymerase Chain Reaction (PCR), fragmen Dna yang diinginkan dapt diamplikasi secara enzimatik (in vitro) oleh reaksi PCR (Saiki dan Muniyappa, 1990), pengujian dengan cara tersebut memerlukan sepasng primer yang spesifik yang akan menginduksi pembentukandan perbanyakan rangkaian asam nukleat atau untai DNA tertentu dengan bantuan enzim taq polymerase dalam mesin PCR atau thermocycler, proses selanjutnya adalah siklus perbanyakan melalui tahapan denaturasi, penempelan dan pemanjangan primer (Hull, 2002).
Metode PCR memerlukan DNA sebagai sumber amplifikasi (Template DNA) sehingga tidak bisa secara langsung diaplikasikan terhadap kebanyakan virus tumbuhan yang bergenom RNA, oleh karena itu RNA harus di konversi menjadi virus tumbuhan yang bergenom cDNA dengan bantuan enzim reverse transkriptase, RT-PCR adalah metode yang sangat sensitif, cepat dan populer untuk mendeteksi virus tanaman termasuk anggota genus Cucumo virus.
Untai ganda RNA (dsRNA) dapat dengan mudah ditemukan dalam jaringan tanaman terinfeksi bersama untai tunggal RNA (ssRNA) virus, keberadaan dsRNA di dalam jaringan tanaman biasanya di gunakan untuk mendiagnosis dan mempelajari sifat dan proses infeksi virus, untai ganda yang di isolasi dari jaringan tanaman terinfeksi virus yang kemudian di visualisasi pada gel agrose atau acrylamidae sehingga hasilnya dapat digunakan dengan membandingkan pola pita virus yang telah diketahui (Bantari & Goodwin, 1985).
Serodiagnosa merupakan cara deteksi virus dengan memanfaatkan reaksi antara antigen dan antibody (Agrios, 1997), metode ini mempunyai banyak keuntungan antara lain cepat, tepat dan dapat digunakan untuk karakterisasi virus serta untuk mengetahui hubungan kekerabatan suatu virus, salah satu uji serologi adalah Enzym Linked Immunosorbert Assay (ELISA) yang pertama kali dikembangkan oleh clark dan Adam (1997), salah satu bahan dasar yang digunakan untuk pengujian serologi adalah tersedianya antibody, sebagai langkah awal untuk membuat antibody adalah dengan melakukan isolasi virus dan inangnya dengan cara purifikasi virus.
Metode pmurnian virus ini sangat tergantung dari sifat dan jenis virusnya, purifikasi CMV telah banyak dilakukan seperti yang telah dilaporkan oleh Hsu et al (1989), selain hasil purifikasi dapat digunakan untuk analisis selubung protein dan pengamatan morfologi virus.
Inang diferensial atau tanaman indikator merupakan salh satu cara untuk mengkarakterisasi masing-masing isolat berdasarkan kesesuaian pada suatu inang, selain itu dapat juga untuk mengetahui virulensi masing-masing isolat tersebut, pada awal perkembangan ilmu virologi penggunaan inang diferensial menjadi salah satu metode yang rutin digunakan untuk mendeteksi dan mengkarakterisasi virus tanaman, hal ini dilakukan karena gejala penyakit yang jelas tentang virus yang menyebabkan penyakit tersebut terjadi.
