Pada umur 22 tahun, Qi Jiguang pergi ke ibu kota dan mengikuti ujian militer kerajaan. Saat itu suku Mongol yang telah terusir dari daratan Tiongkok berusaha merebut kembali kekuasaan, dipimpin oleh Aitan Khan mereka menembus perbatasan utara dan mengepung Beijing. Para peserta ujian kemiliteran dikerahkan untuk mempertahankan ibu kota. Dalam kesempatan itulah Qi mempertunjukan keberanian dan keahlian militernya yang mengakibatkan mundurnya tentara Mongol kembali ke utara.

Tahun 1553, Qi dipromosikan sebagai asisten komisaris militer regional Shandong untuk menahan serangan bajak laut Jepang. Bajak laut wako pernah menyita dokumen resmi seperti penghitungan Dinasti Ming (1368-1644 M) yang dibuat untuk menunjukkan bahwa kapal itu adalah pedagang atau pengangkut upeti yang sah.

Wako, woko, atau waegu adalah istilah yang digunakan untuk merujuk pada kelompok bajak laut Jepang yang sering meneror lautan Asia Timur dari Korea hingga kepulauan Indonesia, terutama antara abad ke-13 dan ke-17 M. Kelompok wako ini sebenarnya tidak hanya terdiri dari Jepang saja tetapi juga ada orang Cina dan Korea yang masing-masing membentuk kelompok bajak laut wako.

Bajak laut wako menyebabkan gangguan perdagangan, teror dan kehancuran yang menimpa masyarakat pesisir, serta ribuan orang tak berdosa yang dijual sebagai budak. Para perompak juga menyebabkan ketegangan dalam hubungan diplomatik antara Cina, Korea, dan Jepang selama periode abad pertengahan.

Qi meningkatkan disiplin tentaranya dan memperkuat pertahanan daerah itu. Bajak laut Jepang melihat kuatnya pertahanan di Shandong terpaksa mengalihkan sasarannya ke selatan, mencari sasaran yang lebih lemah. Musim gugur tahun 1555, pemerintah memindahkan Qi ke Zhejiang dimana bajak laut Jepang bersekongkol dengan para penguasa setempat yang korup menindas rakyat.

Bersama dua jendral lainnya, Yu Dayou dan Tan Lun, Qi memenangkan pertempuran di Cengang pada tahun 1558. Selanjutnya, pasukannya juga melancarkan serangan-serangan mematikan terhadap para bajak laut di Taozhu, Haimen, dan Taizhou.

Setelah situasi di Zhejiang diatasi, Qi mulai menyeleksi ulang pasukannya karena menyadari kebobrokan tentara Ming yang rendah disiplin dan semangat tempurnya lemah. Dia lalu mengajukan permohonan pada kaisar untuk merekrut 3.000 orang yang akan dilatihnya menjadi tentara yang unggul.

Setelah situasi di Zhejiang diatasi, Qi mulai menyeleksi ulang pasukannya karena menyadari kebobrokan tentara Ming yang rendah disiplin dan semangat tempurnya lemah. Dia lalu mengajukan permohonan pada kaisar untuk merekrut 3000 orang yang akan dilatihnya menjadi tentara yang unggul.

Setelah kekalahan di Zhejiang, bajak laut menderita kerugian 5000an jiwa. Pamor pasukan Qi meningkat baik di kalangan rakyat maupun musuh. Terusir dari Zhejiang, para bajak laut mengalihkan sasarannya ke Fujian dimana lebih dari 10.000 bajak laut membentuk pertahanan di daerah pesisir dari Fu’an di utara hingga ke Zhangzhou di selatan. Juli 1562, Qi memimpin 6000 pasukan elitnya ke Fujian. Dalam waktu dua bulan, mereka menghancurkan tiga sarang bajak laut di Hengyu, Liutian dan Lindun.

Namun tentaranya juga menderita kerugian korban jiwa yang cukup besar karena perang dan wabah penyakit. Setelah gangguan bajak laut di Fujian teratasi, Qi kembali ke Zhejiang untuk menata ulang pasukannya.

Bajak laut Jepang memanfaatkan kesempatan ini untuk menyerang Fujian lagi, kali ini mereka berhasil menduduki Xinghua (sekarang Putian). April 1663, Qi memimpin 10.000 tentaranya ke Fujian dan merebut kembali Xinghua.

Setahun kemudian, kemenangan berturut-turut atas bajak laut menandakan masalah di Fujian teratasi. Pertempuran terakhir yang menentukan dengan bajak laut terjadi di pulau Nan’ao, dekat perbatasan Fujian dan Guangdong pada September 1565. Di sana Qi bekerja sama lagi dengan rekan lamanya, Yu Dayou menghancurkan sisa-sisa bajak laut Jepang yang bersekongkol dengan bajak laut Tiongkok.