Выполнить команду в php-командной строке

>————— код ——————-
$obCache = new CPHPCache();
$obCache->CleanDir();
>—————————————

Все файлы кеша маркируются на удаление.
Потом на сервере

>————— код ——————-
rm -rf /home/bitrix/www/bitrix/cache/*.~*
>—————————————

PS
Это официальная информация от саппорта 1С-Битрикс (вообще Битрикс не рекомендует чистить кеш каким либо методом, кроме как из панели управления).
Запрос делал в связи с тем, что на одном крупном проекте файловый кеш — и чистится он из админки более 2х часов …
Надеюсь клиент согласится перевести кеш на memcache…