"Pero tú, Belén Efrata, quien eres pequeña para estar entre los miles de Judá, de tí me saldrá el que será Señor en Israel; cuyos orígenes son de antiguo, desde los días de la eternidad" (Miqueas 5:2).

El obispo Makarios de Jerusalén construyó la estructura original ordenada por el emperador Constantino a continuación del Primer Concilio de Nicea en el 325.

En 384, Jerónimo tomó residencia en Belén y dos años más tarde se reunieron con él Paula y su hija Eustoquio. Jerónimo escribió allí una nueva traducción del Antiguo y el Nuevo Testatemento (la Vulgata). La tumba de Paula, Eustoquio y Jerónimo están bajo la iglesia al lado de la cueva de Jesús.

La iglesia fue completamente destruída en las Revueltas Samaritanas en 529. La actual Iglesia de la Natividad es una de las estructuras cristianas más tempranas. Durante el reinado de Justiniano (527-565) se la reemplazó, en el mismo sitio, por la iglesia llamada de Constantino. Fue por casualidad que este edificio escapó la destrucción durante la invasión persa de 614 D.C. En su destrucción, los persas la pasaron de largo porque vieron un mosaico en la fachada con una imagen de un Magi vestido con la indumentaria típica persa. Fue la única iglesia en el país que no destruyeron.

El acceso principal a la Basílica es por medio de una puerta muy pequeña. Los visitantes deben entrar agachándose. Originalmente, la iglesia tenía tres entradas, dos de las cuales han sido bloqueadas. Los Cruzados reformaron el portal central y más alto de la puerta de la iglesia justiniana. La pequeña entrada actual fue construída durante la era otomana para prevenir que hombres montados a caballo pudieran ingresar en la Basílica.

Después de la entrada principal está el antiguo nártex y una puerta sencilla de madera da acceso al interior. Los paneles de la puerta fueron construídos por dos artistas armenios bajo orden del rey armenio Hayton en 1277. El interior de la iglesia contiene cuatro filas de pilares de piedra caliza roja. Desde el 1130, los cruzados decoraron la parte superior de los pilares con pinturas de santos cuyos nombres aparecen en latín y/o griego.

La fuente bautismal octogonal estaba originalmente ubicada cerca del altar elevado de la iglesia del siglo VI. La inscripción dice “Para recordación, descanso y redención de pecados de aquéllos cuyos nombres conoce el Señor”.

Los restos de la decoración de mosaicos en las paredes de la nave datan de la restauración de 1165-1169 y se atribuyen a “Basilio Pictor”. Su nombre aparece al pie del tercer ángel a partir de la derecha, en la pared del norte. Está escrito con las sílabas ubicadas unas sobre las otras. Originalmente, todas las paredes internas de la iglesia estaban cubiertas con mosaicos.

Unos peldaños descienden de ambos costados del altar hacia la cueva del nacimiento. Una estrella de plata sobre el Altar de la Natividad marca el punto donde nació Jesús. La estrella original fue colocada por la iglesia romana en 1717 pero la quitaron los griegos en 1847. Los turcos la restituyeron pero este incidente fue factor que contribuyó al estallido de la guerra de Crimea. (La disputa franco-rusa sobre los lugares sagrados en Palestina fue el detonante de la guerra de Crimea. El interés de Francia en Palestina había sido estimulado por una crisis doméstica en 1840-1841. Napoleón II empujó a la guerra, confiando en el apoyo de grupos eclesiásticos militantes en Francia. En 1850, Napoleón III encargó la restauración a católicos franceses de las capitulaciones de 1740. Esto significaba que los franceses querían la llave de la Iglesia de la Natividad en la ciudad vieja de Jerusalén y el derecho a colocar una estrella de plata sobre el lugar de nacimiento de Cristo en Belén).

La iglesia franciscana de Santa Caterina fue construída en 1881.