Ο σύλλογος σύναψε συμφωνία με την ΠΑΕ ΠΑΟΚ και συγκεκριμένα το Paok Academy, πράγματα που σημαίνει ότι τα τμήματα υποδομής του Εθνικού Σοχού είναι άμεσα συνεργαζόμενα με αυτά του ΠΑΟΚ.

Τον συντονισμό του Paok ACADEMY έχει αναλάβει ο Βαγγέλης Πουρλιοτόπουλος, τερματοφύλακας με περισσότερες από 180 συμμετοχές στην Α’ Εθνική (Ιωνικός, Πανιώνιος, ΠΑΟΚ, Αρης), μαζί με τον Γρηγόρη Καραβέλη και τον Βασίλη Μήττα. Στα Τμήματα Υποδομής του ΠΑΟΚ εργάζονται περισσότεροι από 40 άνθρωποι. Συντονιστές, προπονητές, γυμναστές, τεχνικοί διευθυντές, γιατροί, φυσιοθεραπευτές, καθηγητές.