Para gravação basta ter um gravador ISP como o Usbasp acima e montar o circuito de gravação ISP (MOSI - MISO - SCK - RESET) com o Atmega escolhido, que varia conforme a placa Arduino alvo
Faça download da IDE do Arduino no site oficial, instale e escolha a placa desejada em TOOLS - BOARD, selecione o USBASP em TOOLS - PROGRAMMER e finalmente TOOLS - Burn Bootloader