Don Gonzalo de Ronquillo no podía sospechar que su cargo vitalicio iba a ser muy corto, tres años después de su llegada murió. Antes se vio afectado por algunos de los males que aquejaban a Sande; así cuando Lavezaris murió, quedando su viuda como heredera única de las encomiendas, intentó una ruin maniobra y propuso a la desconsolada mujer que se casara con su primo Don Diego para evitar, de este modo, que cuando la anciana falleciera esas ricas tierras pasaran a manos de los indios como era costumbre en Filipinas. La buena mujer se negó.
El doctor Sande cargó veintidós toneladas de mercancías en los barcos que le llevaban a Acapulco y estuvo en México hasta 1.592 cuando se hizo cargo del Gobierno de Guatemala por cuatro años. Acabó sus días en Nueva Granada. Su forma de actuar continuó siendo parecida a la que había mostrado en Filipinas y sus continuos desmanes e injusticias llevaron en 1.602 al visitador Salierna de Mariaca a desplazarse hasta Santa Fe de Bogotá para inspeccionar sus posesiones y su forma de gobierno. La muerte de ambos dejó abierta la investigación. Tales fueron sus desmanes y crueldad que se le conoció en esta zona como el doctor Sangre.
El cuerpo del Padre Alfaro fue encontrado cuatro días después del naufragio. Una leyenda rodea su figura. Se asegura, aún en estos días, que se enterró su cuerpo incorrupto en una pequeña aldea del sur de Sumatra y que quienes se acercan a su tumba o invocan su nombre son obsequiados con milagros sin fin.
El Padre Lucarelli fue expulsado de Macao y amarrado en la bodega de un barco que cubría la misma ruta que tomara su desafortunado amigo, llegó a Malaca y regresó con el tiempo a Macao. El capitán Juan Díaz Pardo ingresó en la Orden de San Francisco con el nombre de Fray Juan el Pobre.
Aquilino siguió su educación y a la muerte de Ronquillo, él y sus compañeros consiguieron la anhelada libertad que nunca soñaron tener. Acompañado de Amancio, ya muy mayor y casi ciego, regresó a Nueva España y abrió una escuela para niños ayudado por los franciscanos de México. Se casó con una india y tuvieron doce hijos, murió a los setenta años rodeado de una gran familia. Mariano prefirió quedarse a predicar con los agustinos en Filipinas en cuya orden ingresó.
La ciudad de Manila continuó su desarrollo. La llegada del primer Obispo, Fray Domingo de Salazar, y la construcción de la catedral cambió la fisonomía de las calles y elevó la esperanza de sus habitantes, aunque Manila fue destruida y reconstruida en numerosas ocasiones. Sufrió ataques y revueltas de los pueblos vecinos y varias incursiones de ingleses y holandeses. En el siglo XIX se generó un fuerte sentimiento nacionalista y, a mediados de ese siglo, las agitaciones provocaron serios disgustos a los españoles, hasta que en 1.892 se desencadenó la guerra total contra España. En 1.896 los nacionalistas se agruparon en una organización denominada katipunam y desafiaron con una cruel guerra de independencia la soberanía de España. En 1.898, el Archipiélago es cedido a los Estados Unidos de Norteamérica.
